Администрация подала в суд на ИП за нецелевое использование выданного гранта

Сложно ответить на Ваш вопрос, если не видеть ни исковое заявление, ни письменный отзыв на него. Обычно правило простое — если расходы были проверены, признаны обоснованными и на них выделен грант, но впоследствии эти расходы не были произведены, то сумма этих расходов должна быть возвращена. Это вполне может быть Вашим неосновательным обогащением. Но также это может быть и Вашей заработной платой. Если будет восстановлен бухгалтерский учет и представлены документы о том, что Вы выплачивали зарплату как себе так и наемным работникам, но забыли перечислить в бюджет налоги и отчисления, то можете и выиграть.